Bár úgy gondolják, hogy a helyszínen whiskyt a 16. század óta főznek, amikor a szarvasmarhahajtók egy helyiektől vásároltak, a lepárlót csak 1897-ben hozták létre, Tomatin Spey Distillery Co Ltd. néven.

1958-ig mindössze két lepárlóval működött. Ettől kezdve a gyártási kapacitás növelése érdekében megkezdték a lepárlók hozzáadását, végül az 1970-es években elérték az évi 12,5 millió liter whisky-termelést. Bár 1987-ben a Tomatint Skócia legnagyobb malátafőzdéjeként emlegették, az 1980-as évek közepe óta a lepárlókat leszerelték, így a teljes kapacitásuk valamivel több mint 5 millió literre csökkent és 2007-ben már csak 2,5 millió litert gyártottak.

A cég 1906-ban csődbe ment, majd 1909-ben új tulajdonossal nyitotta meg kapuit. Az 1986-os felszámolása után a Takara Shuzo japán konglomerátum tulajdonába került, és átnevezték Tomatin Distillery Co Ltd-re.

A lepárló az utóbbi időben arra törekszik, hogy megerősítse a single malt gyártó nevét, és bővíti alapkínálatát. 2003-ban a Tomatin alap 10 éves változatát a 12 évesre cserélték. Gyakran más korlátozott kiadásokat is készítenek, beleértve a 32 éves, a 40 éves és az egyhordós ajánlatokat. A közelmúltban a lepárló megkezdte a Cù Bòcan nevű, single malt gyártását, amelyet évente 1 hétig állítanak elő az üzemben.